Come gli altri comuni della valle, Margno appartiene alla diocesi di Milano e nei secoli XII e XIII fu dominata dagli arcivescovi di Milano. Nel secolo XIV fu compreso nel ducato di Milano ed all'inizio del Cinquecento subì la breve signoria di Gian Giacomo de Medici, detto il Medeghino. Nel 1647 divenne feudo dei Monti. Il nome di una contrada, via dell'Ospedale, ricorda un ospizio per i poveri fondato nel 1450 dai coniugi Zuccarelli e dotato di ben 17 appezzamenti di terreno. L'ospizio fu attivo fino al XVII secolo. Un affresco sulla casa parrocchiale ricorda il parroco Bernardo Vitali, patriota, che, nel 1848, travestendosi da pastore, riuscì a sfuggire agli Austriaci. Nella località di Bagnala, molto popolata fino al XVIII secolo, si ergeva uno dei fortilizi costruiti fin dal Medioevo a difesa della valle. Del baluardo medioevale oggi restano alcuni tratti di muraglia detta "la Bastia". Sopra il paese (1480 m) c'è il Pian delle Betulle, centro di villeggiatura, raggiungibile con una comoda funivia.